Introdução: Métodos quantitativos sensíveis e acurados para monitorar o quimerismo hematopoiético após Transplante de Células-Tronco Hematopoiéticas (TCTH) são necessários para verificar o sucesso do enxerto, uma vez que os resultados influenciam a abordagem terapêutica. Método: A técnica de detecção de DNA baseada em primers inserção-específicos de marcadores genéticos do tipo InDel (Inserção/Deleção) foi avaliada quanto a sua utilidade em quantificar quimerismo em amostras de DNA em baixa concentração, em PCR em Tempo Real (qPCR). Para isso, amostras de DNA de dez pacientes submetidos a Transplante de Medula Óssea (TMO) foram analisados para quantificar a concentração de DNA residual em diferentes períodos pós-transplante. Os resultados obtidos pela InDel-qPCR foram comparados com a evolução clínica descrita nos prontuários. Resultados: As quantificações do DNA residual variaram de 0,021 ng/µL a 11,71 ng/µL, correspondendo a fração de 0,065% a 40,6% do DNA total presente na amostra. Os resultados obtidos (presença ou ausência do alelo inserção) foram condizentes com a evolução clínica dos pacientes, em alguns casos, evidenciando quimerismo prévio ao relatado nos prontuários. Conclusão: Nossos dados demonstram a utilidade do método InDel-qPCR, baseada em primers inserçãoespecíficos, no monitoramento de quimerismo hematopoiético.