O eixo intestino-cérebro é definido com uma comunicação entre o sistema nervoso central (SNC) e o ambiente entérico do intestino. A microbiota humana além de interferir na saúde intestinal, também têm um papel importante no SNC e pode influenciar em distúrbios como depressão e ansiedade. O estudo objetivou analisar a relação entre a microbiota e a saúde mental. Foi realizada uma busca nas plataformas PubMed e DOAJ através dos descritores: “gut-brain axis”, “depression”, “anxiety”, “microbiota”, “stress”. Um total de 25 artigos foram incluídos após a aplicação de critérios de inclusão: artigos originais com delineamento experimental ou observacional no período de 2011 a 2021; idioma inglês ou português. Foram descartados artigos que não trabalhavam a interação da microbiota com os transtornos mentais e artigos duplicados. Foi observado que o eixo intestino-cérebro representa uma ligação importante entre a saúde intestinal e o bem-estar psicológico e que a disbiose pode interferir na saúde mental e física do indivíduo. Em conclusão, pôde-se perceber uma relação importante entre a microbiota intestinal e a fisiopatologia dessas doenças e que a ingestão de probióticos tem grande potencial no tratamento.