Introducción: La infección del tracto urinario es una afectación frecuente en niños, y su recurrencia predispone a patologías crónicas que disminuyen la sobrevida de pacientes hospitalizados. El objetivo del presente estudio fue determinar la prevalencia de infección del tracto urinario y factores asociados en niños hospitalizados de 0 a 5 años. Métodos: El presente estudio es transversal analítico, el universo lo constituyó los niños hospitalizados en pediatría de 0 -5 años del Hospital ¨José Carrasco Arteaga¨ de Cuenca-Ecuador, la muestra fue probabilística 147 casos, el muestreo fue aleatorio simple. Las variables fueron presencia de ITU, edad, sexo, nivel socio-económico, balanitis, estreñimiento, antecedentes de ITU. En el análisis bivariado se determinó asociación mediante chi cuadrado y se midió la intensidad de asociación por Razón de prevalencia (RP) con un Intervalo de confianza del 95% y un valor significativo de P< 0.05. Resultados: Fueron 147 casos. La prevalencia de ITU fue 10.6%, se presentaron como factores protectores: edad < 1 año RP 0.21 (IC 95% 0.16-0.42, P<0.001) y el sexo masculino RP 0.28 (IC 0.18-0.471, P<0.001). Los factores de riesgo fueron: el nivel socioeconómico medio-bajo RP 1.70 (IC 1.01-2.86, P=0.04), balanitis RP 3.23 (IC 2.48-4.21, P=0.012), fimosis RP 29.37 (IC 6.34-136.3., P<0.001), sinequias RP 1.43 (IC 1.14-1.79, P=0.02), el antecedente de infección del tracto urinario RP 78.91 (IC 10.72-580.7, P<0.001) y estreñimiento RP 4.51 (IC 2.16-9.50, P<0.001). La hidronefrosis fue el hallazgo ecográfico más frecuente RP 78.9 (IC 10.7-580.7, P<0.001). Conclusiones: El sexo masculino fue un factor protector, y alteraciones anatómicas del tracto urinario fueron los mayores factores de riesgo
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