Introducción: En Latinoamérica se reportó una forma más grave de COVID-19 en población pediátrica. En nuestro medio no se cuenta con datos acerca de la caracterización de virus respiratorios de relevancia causantes de infección respiratoria aguda grave (IRAG) desde el inicio de la pandemia por COVID-19 en Bolivia. Objetivo:  Evaluar el comportamiento epidemiológico de SARS-CoV-2, VSR y FLU como responsables de IRAG en población internada en el Hospital del Niño Manuel Ascencio Villarroel en Cochabamba Métodos: Se incluyó a 41 pacientes de hasta 5 años de edad, internados durante junio 2021 a junio 2022. Se empleó la reacción en cadena de la polimerasa (RT-qPCR) para la detección de SARS-CoV-2, VSR y FLU tipo A y B. Resultados: En el 47,6 % de los pacientes se detectó VSR, en el 42,9 % SARS-CoV-2 y en 9,5 % se detectó coinfección entre SARS-CoV-2 y VSR, no se presentó casos de infección por FLU. Se reportó principalmente con el 76,2% fiebre y 61,9 % tos. El 14,3% de los pacientes ingresó a terapia intensiva, 2 pacientes fallecieron, uno presentó coinfección viral SARS CoV-2/ VSR y el otro infección viral simple por SARS-CoV-2. Conclusiones: Tras el desconfinamiento después del inicio de la pandemia por COVID-19 se encontró como agentes causantes de IRAG a VSR y SARS-CoV-2 con una frecuencia de circulación similar. Las manifestaciones respiratorias son más frecuentes, mostrando en la mayoría estados estables y recuperación favorable. Es necesario una constante vigilancia epidemiológica ante la experiencia vivida por la pandemia por COVID-19.