A Casa do Parto de Sapopemba (CPS) é uma unidade autônoma, isolada do hospital, integrada ao Sistema Único de Saúde. Atende mulheres com gestação de baixo risco e a assistência é prestada exclusivamente por obstetrizes e enfermeiras obstétricas. Este modelo tem sido criticado em relação à segurança para a mulher e recém-nascido. A literatura aponta menos intervenções desnecessárias e maiores níveis de satisfação das mulheres atendidas em casas de parto. No Brasil existem poucos estudos sobre o tema. Os objetivos deste estudo, do tipo caso-controle, foram: descrever as remoções neonatais segundo o motivo, tempo de vida, local e desfecho; identificar os fatores de risco associados à remoção. Ocorreram 2.840 partos na CPS no período de setembro de 1998 a agosto de 2005. Os casos foram todos os recém-nascidos removidos da CPS para hospitais de referência (n=32) no período do estudo. Os controles foram recém-nascidos da CPS, nascidos no mesmo período e que não foram removidos (n=64). Os dados foram coletados dos prontuários e registro sobre os partos da instituição. Foi realizada análise univariada e de regressão logística múltipla dos dados. A prevalência de remoções e a taxa de mortalidade neonatal foi de 1,1% e 1/1.000 nascidos vivos, respectivamente. O desconforto respiratório foi o motivo principal para a remoção neonatal seguido de suspeita de aspiração de mecônio, hipotonia e asfixia neonatal. O Hospital Geral de Vila Alpina recebeu 51,6 % das remoções e o Amparo Maternal 32,6%. No momento da remoção, o tempo de vida do recém-nascido variou entre 5 minutos e 30 horas (média=8 horas; mediana=5 horas; dp=8,3 horas). Os fatores de risco para remoção neonatal foram: intercorrências no trabalho de parto e parto (OR=5,5; IC 95% 1,06-28,26), hábito de fumar durante a gestação (OR=4,1; IC 95% 1,03-16,33) e Índice de Apgar igual ou menor que sete no primeiro minuto de vida (OR=7,8; IC 95% 1,62-37,03). As taxas de remoção e mortalidade neonatal encontradas, similares ou inferiores a estudos internacionais, são importantes indicadores da qualidade do atendimento na CPS. Acredita-se que o conhecimento dos fatores de risco para remoção possa contribuir para o aprimoramento da assistência, pela identificação de situações que apontam para um maior risco de complicações neonatais. Unitermos: centro independente de assistência a gravidez e ao parto, fatores de risco, mortalidade neonatal, morbidade neonatal, enfermagem obstétrica.