En la Sierra Nevada de Santa Marta los cultivos de cacao están conformados mayoritariamente por cultivares híbridos comerciales y, aunque se encuentran cacaos nativos, estos son poco cultivados. Dada la necesidad de verificar si estos cultivares de cacao encontrados en la Sierra pertenecen al grupo genético tipo Criollo, se realizó una caracterización fenotípica y genotípica de cacaos del municipio Dibulla, La Guajira. Para esto, se muestrearon 11 cultivares en Mingueo. Los rasgos fenotípicos se evaluaron empleando descriptores UPOV para cacao. Los parámetros cualitativos y cuantitativos se cotejaron por análisis de conglomerado y análisis de componentes principales (ACP), y las variables cuantitativas se compararon a través de la prueba no paramétrica test de Mann-Whitney. Para evaluar las relaciones genéticas, se estandarizaron protocolos de biología molecular y se secuenció la región ITS. A partir de las secuencias, se realizaron agrupamientos por métodos de distancia y filogenéticos. Finalmente, se encontraron diferencias significativas entre las semillas (p = 0,01), y resalta la coloración blanca del cotiledón de los criollos en contraste con la coloración púrpura oscura de los híbridos. Asimismo, los análisis de conglomerados, ACP y los análisis de secuencias demostraron diferencias entre el grupo de los cacaos nativos y los híbridos comerciales cultivados; además, los cacaos nativos se emparentan con el grupo de cacao tipo Criollo.