Dada la importancia que tendría el uso de bacterias endófitas para el control de las enfermedades del cacao, el objetivo de este estudio fue construir el árbol filogenético y caracterizar las bacterias endofíticas formadoras de endosporas en función de la altitud, la edad y el tejido de la planta de cacao en una zona productora de la provincia de Esmeraldas en Ecuador. El aislamiento de las bacterias se realizó a partir de secciones de tejidos de mazorcas y pedicelos de la flor en cultivares de cacao Criollo tipo Nacional. Se obtuvieron 45 aislados de bacterias endófitas formadoras de endosporas, asociados principalmente con tejidos del endocarpio. El árbol filogenético reveló que todas las bacterias pertenecen al género Bacillus. No se encontró relación entre el número de aislados bacterianos con la edad de la planta, aunque hubo una ligera tendencia a la disminución de los aislados hacia los sitios de mayor altitud.