La certificación, en especial orgánica, así como la calidad en taza, son factores de interés para la exportación y comercialización del café. El objetivo fue determinar y comparar los costos de producción y la rentabilidad de los cafés especiales con certificación orgánica y sin certificación en productores cafetaleros organizados en el eje cafetalero del norte del Perú. Se entrevistó a 24 pequeños agricultores en la provincia de Jaén, Perú, que fueron distribuidos en dos grupos de análisis: (i) café especial con certificación orgánica (CECO) y (ii) café especial sin certificación (CESC). Los datos fueron analizados con análisis no paramétrico Kruskal-Wallis. Se encontró que el costo de producción del grupo CECO es significativamente mayor que el grupo CESC (p = 0,00045 y k = 12,313). Por tanto, el grupo CESC es el más rentable en todos los indicadores de rentabilidad analizados y el menos sensible a la baja de precio de venta del café especial. Se concluye que los altos costos de producción y, por tanto, la baja rentabilidad del grupo CECO están estrechamente vinculados a los costos de fertilización. Sin embargo, al ser sostenible con el ambiente y con la sociedad, requiere de tecnologías, servicios tecnológicos u otras estrategias privadas o estatales que den el soporte para su viabilidad en el mediano y largo plazo.