El presente artículo tuvo por objetivo realizar un análisis comparativo de las habilidades investigativas que manifiestan estudiantes del posgrado en Educación de una unidad académica de sostenimiento público y una unidad académica de sostenimiento privado del Sur del Estado de Sonora. La investigación se desarrolló en el paradigma cuantitativo, con diseño descriptivo-transversal, no experimental. Se aplicaron los instrumentos de evaluación de habilidades y competencias de investigación y el test de habilidades investigativas a un total de 40 profesores participantes divididos en dos grupos. Se utilizó SPSS versión 25 para el análisis de los datos. Dentro de los hallazgos principales se destacan la habilidad valorar información y la competencia comunicar resultados de manera escrita donde el estudiantado se autopercibe mayormente competente.