Puskesmas merupakan unit pelayanan kesehatan tingkat pertama dan terdepan dalam sistem pelayanan kesehatan yang disesuaikan dengan kondisi, kebutuhan, tuntutan, kemampuan dan inovasi serta kebijakan pemerintah daerah setempat. Umumnya proses pendataan pada puskesmas masih dikerjakan secara manual sehingga membutuhkan waktu yang lama dan jika pasien tidak membawa Kartu Index Berobat harus menunggu lama untuk mendapatkan berkasnya sehingga membutuhkan waktu yang lama dalam pelayanan pendaftaran pasien.  Bila berkasnya tidak ditemukan, maka akan dibuatkan berkas baru yang berarti telah terjadi data rangkap. Rata-rata sebanyak 62% pasien tidak membawa Kartu Indeks Berobat(KIB) saat hendak berobat setiap harinya. Selain itu, dalam membuat laporan bulanan, petugas mencatat satu persatu data yang akan dibuat menjadi laporan bulanan. Tujuan penelitian ini merancang Program Sistem Informasi Pendaftaran pasien Berbasis Web dengan Fingerprint untuk mempermudah proses yang ada. Penelitian ini menggunakan metode prototype menurut referensi Sulianta meliputi: (1) Mengidentifikasi kebutuhan (2) Merancang Prototype (3) Mengkodekan prototype (4) Testing sistem (5) Menggunakan sistem. Hasil akhir perancangan tersebut menghasilkan Sistem Informasi pendaftaran pasien berbasis web dengan fingerprint untuk mempermudah mengolah data dan menyimpan data serta diharapkan akan memudahkan pengguna.