Este artigo apresenta os principais desafios do complexo da Tristeza Parasitária Bovina (TPB), a partir de revisão literária sobre o tema. A TPB é um complexo de enfermidades causadas pelos protozoários Babesia bovis e Babesia bigemina combinados com a bactéria Anaplasma marginale, os quais são transmitidos pelo vetor Rhipicephalus (Boophilus) microplus (carrapato-do-boi) ao seu hospedeiro bovino, impactando negativamente a saúde do animal e acarretando milhões de prejuízos à economia rural, seja no combate e controle do parasito, ou em gastos com medicamentos, de acordo com dados do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA), e do IBGE. Os principais métodos de controle e tratamento às doenças causadas por B. bovis, B. bigemina e A. marginale, atualmente, se resumem no combate ao vetor com aplicação de produtos químicos, como os acaricidas, aos animais contaminados. Entretanto, os desafios desse método residem na prática de aplicação em sequência e com frequência desses produtos químicos na população bovina, o que provoca, geralmente, a configuração de carrapatos multirresistentes aos agentes químicos. Diversos estudos têm mostrado pequenos resultados com tratamentos homeopáticos e rotação de pastagem, tratamentos alternativos para o combate ao parasito Rhipicephalus microplus. Em 2020, o MAPA lançou obra orientativa com a metodologia Tratamento Bovino Seletivo (TBS), cujo objetivo é acompanhar caso a caso a população bovina contaminada para se fazer o processo seletivo dos animais, de modo que os animais doentes são tratados. Para garantir êxito, oferece-se o Programa de Controle Seletivo do Carrapato Bovino (PCSCB), criado pela Universidade Federal do Paraná.