Prosopis tamarugo (Prosopis, Sect. Strombocarpa) is an important endangered tree species from the Atacama Desert (Chile). However, this species requires urgent conservation measures, for which it is necessary to evaluate their genetic diversity. Here, we present the characterization of the complete chloroplast genome of P. tamarugo; the first complete chloroplast of a species from the Strombocarpa section, obtained by next generation sequencing (NGS) methods. The complete chloroplast contains 161,575 bp and a total of 129 genes. A phylogenetic analysis of four Prosopis plastomes revealed that P. tamarugo is a sister species of the other Prosopis species albeit having smaller chloroplast sequence compared to those of other Prosopis species. Nine DNAcp markers were detected to distinguish between haplotypes. Therefore, the chloroplast sequence of P. tamarugo could be highly valuable for upcoming phylogenetic studies.

Bomarea ovallei (Phil.) Ravenna (2n=2x=18) is an endangered endemic species that inhabits only a small part of the coast of the Atacama region. We describe the structure, gene composition and phylogeny of the complete chloroplast sequence of this elusive species. The chloroplast genome consists of 155,018 bp, with typical quadripartite structures: a large single copy region (LSC) of 84,132 bp, a small single copy region (SSC) of 17,794 bp, and two inverted repeat regions (IRs) contain 26,546 bp. One hundred and thirty-four genes were identified out of which 84 coding genes, 8 rRNA, 38 tRNA and 4 pseudogenes. B. ovallei chloroplast resembles chloroplasts from seven species of the order Liliales in length and structure and is most similar to Bomarea edulis (BP=100). The average nucleotide variability (Pi) of 0.00254 between these two Bomarea species is moderate. Nine loci with increased variability were identified: rps16-trnQ, atpF, trnL, ndhC-trnV, rbcL, psbJ, rpl32-trnL, ndhD and ycf1. These loci could be used as DNA markers for classification and evaluation studies in Bomarea populations.

Introducción y objetivos: Una de las pocas especies de árboles adaptados a las condiciones ecológicamente limitantes del desierto de Atacama es Geoffroea decorticans, conocido como chañar. Es un valioso recurso multipropósito utilizado como alimento y producto medicinal. Sin embargo, aún no se han desarrollado marcadores de ADN codominantes específicos para esta especie que permitan realizar estudios genéticos en la especie. El objetivo del presente trabajo fue desarrollar y validar marcadores microsatélites (SSR) para G. decorticans, con el fin de analizar en el futuro su diversidad genética y estructura genética poblacional. M&M: Se buscaron marcadores SSR en el genoma de G. decorticans a partir del método Next-Generation Sequencing (NGS), y se validaron a través de treinta individuos distribuidos en diferentes localidades del norte de Chile. Resultados: Se identificó un total de ~144.117 loci de microsatélites y de ellos se usó un grupo de 41 pares de cebadores para la validación. Los fragmentos amplificados variaron de 106 pb a 225 pb, el número de alelos varió de 2 a 9, y el valor PIC de los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con un promedio de 0,64. Conclusiones: Por primera vez se desarrollaron marcadores SSR putativamente neutros específicos de la especie G. decorticans con el fin de promover estudios genéticos para la conservación de la especie. El presente estudio provee 38 nuevos marcadores SSR polimórficos, los cuales podrían servir como una herramienta efectiva para estimar la diversidad genética, estructura genética y para ser empleados en programas de mejora.

Introducción y objetivos: La presente investigación corresponde a un análisis taxonómico molecular de muestras florales obtenidas de plantas establecidas naturalmente en una zona recóndita del Desierto de Atacama, Región de Arica-Parinacota, Chile. En primera instancia, las muestras morfológicamente se atribuyeron al género Lathyrus, sin embargo, conforme a la literatura actual, no se han registrado individuos de este género en la región, dado esto, se ha generado confusión en la identificación de las muestras colectadas. Por lo cual, la presente investigación tiene por objetivo identificar genéticamente las especies presuntamente de Lathyrus, mediante DNA Barcoding. M&M: En el presente estudio se evaluaron estos individuos mediante un análisis filogenético para determinar su identidad taxonómica a partir de secuencias ITS (nuclear) y secuencias psbA, matK y rpoC1 (plastídicas).  Resultados: Los resultados demostraron que los individuos están relacionados a la especie Lathyrus odoratus.  Conclusiones: Los cuatro loci de DNA barcoding, permitieron identificar genéticamente las muestras como L. odoratus, el cual se encuentra creciendo de manera natural en Chile.