Introdução: A Síndrome Branquio-Óculo-Facial é uma doença autossômica rara com expressão variável, dependente das mutações genéticas, cujo fenótipo caracteriza-se por alterações oculares, auriculares e craniofaciais. Objetivo: Descrever características clínicas, alterações funcionais e estruturais do complexo craniofacial de sujeito com síndrome branquio-óculo-facial. Método: Paciente de 13 anos e 3 meses, respiradora oral com perda auditiva condutiva de grau moderadamente severo em ambas as orelhas, diagnosticada com síndrome branquio-óculo-facial, apresentou: fissura labiopalatina transforame bilateral completa corrigida por labioplastia e palatoplastia primárias, assimetria facial, fístula em região anterior de palato duro, atresia maxilar transversa, dentinogênese imperfeita, trespasse horizontal negativo, oclusão Classe I de Angle e mordida aberta anterior e lateral bilateralmente, desvio severo da linha média superior para a esquerda, incisivo lateral superior permanente semi-erupcionado por vestibular do canino superior decíduo do lado esquerdo, retenção prolongada do segundo molar inferior decíduo direito, apinhamento dentário inferior, hipotonia e posicionamento inadequado de língua, ausência de vedamento labial em repouso, deglutição adaptada, alteração na mobilidade de lábios, bochechas e palato mole com escape de ar nasal na fala, caracterizando disfunção velofaríngea. Sujeitos com fissura lábiopalatina podem apresentar grande variedade de alterações na produção dos fones. Paciente apresenta crescimento deficiente da maxila que, como relatado na literatura, pode alterar o desenvolvimento do terço médio da face com repercussão na oclusão dentária, fala e formato do nariz. Conclusão: As alterações clínicas funcionais e estruturais relatadas são na maioria do complexo craniofacial, demonstrando a importância da otorrinolaringologia, fonoaudiologia e odontologia na terapêutica interdisciplinar dos pacientes com a síndrome.