En los Andes tropicales, los efectos del cambio climático son excepcionalmente intensos. Sus consecuencias son una amenaza para la conservación de los ecosistemas altoandinos, la biodiversidad y los diversos servicios ecosistémicos brindados a las poblaciones. Durante estos últimos 40 años, los glaciares peruanos han mostrado una reducción de 43% de su superficie, lo que tiene profundas implicancias en el abastecimiento de agua, en términos de cantidad y calidad. El retroceso glaciar deja expuestas a la intemperie rocas mineralizadas y ricas en sulfuro, alterando la calidad del agua, generando drenaje ácido de roca (DAR). Aunque se requiere de mayor investigación, uno de los supuestos es que el drenaje ácido natural de roca se produce por reacciones de oxidación y lixiviación de los minerales. Los metales son movilizados hacia los cuerpos aguas abajo, ocasionando cuadros de toxicidad en los ecosistemas acuáticos y en los usuarios de este recurso. En este artículo, proponemos la biorremediación como una estrategia eficaz y de bajo costo para mitigar los efectos de DAR y presentamos dos metodologías participativas aplicadas en campo. Entre 2013 y 2017, la Comunidad Campesina Cordillera Blanca, Recuay, Ancash, realizó una Investigación Acción Participativa, articulando conocimiento local y científico, para remediar las aguas del canal Chonta, alteradas por el fenómeno de DAR. La comunidad diseñó e implementó un sistema de biorremediación, recuperando la calidad del agua para su uso agrícola. En 2016, la misma experiencia fue replicada y perfeccionada por el Comité de Usuarios de Agua Shallap-Huapish-Toclla, Huaraz, Ancash, implementando un piloto. Estas dos experiencias se desarrollaron con el apoyo del Instituto de Montaña y de la Universidad Nacional Santiago Antúnez de Mayolo en Huaraz.