Este livro explica por meio de figuras produzidas a partir de scripts produzidos para programas computacionais de Bioinformática como ocorre a ligação entre a indometacina e a ciclo-oxigenase-2, sua enzima-alvo. Compreendendo como ocorre esta ligação é possível entender a ação anti-inflamatória da indometacina no organismo.

Introdução: Os anti-inflamatórios não esteroidais (AINEs) estão entre os fármacos mais utilizados na prática médica. Destacam-se pela grande variedade de indicações terapêuticas. A indometacina (IMN) é um AINE utilizado em casos de osteoartrite, artrite reumatoide moderada ou severa, tendinites, espondilite anquilosante, antipirético e cefaleia responsiva à indometacina. O efeito anti-inflamatório da IMN resulta da inibição da ciclo-oxigenase-2 (COX-2), uma enzima que participa da produção de mediadores inflamatórios como prostaglandinas e tromboxanos. Objetivos: O objetivo principal da presente pesquisa foi o desenvolvimento de scripts para o software RasMol 2.7.4.2, no intuito de produzir imagens que ilustrem a interação entre a IMN e a COX-2. Material e métodos: Foi realizado o levantamento de arquivos PDB sobre a IMN e a COX-2, obtidos no site Protein Data Bank. Foram selecionados arquivos PDB de acordo com critérios como data de upload do arquivo, nível de resolução da estrutura cristalizada, método experimental utilizado, entre outros. A partir dos arquivos PDB selecionados, foram desenvolvidos vários scripts para o software RasMol. Resultados: As imagens obtidas no programa computacional RasMol mostraram que a IMN se liga a uma região relativamente profunda de um canal hidrofóbico da COX-2. A ligação da IMN e a COX-2 ocorre por meio de uma interação entre um átomo de cloro da IMN com o resíduo de aminoácido leucina 384 da COX-2. A estabilização da ligação entre estas substâncias ocorre também por meio de interações hidrofóbicas da região benzoíla da IMN com a leucina 384, fenilalanina 381, tirosina 385 e triptofano 387, bem como do átomo de oxigênio do grupo benzoila da IMN com a hidroxila da cadeia lateral da serina 530 e a cadeia lateral da valina 349 da COX-2. Conclusão: As imagens produzidas a partir dos scripts mostraram que a ligação da IMN com a COX-2 ocorre por meio de interações com resíduos de aminoácidos da COX-2 de modo diferente que ocorre quando comparado com outros inibidores. O estudo bioquímico estrutural dos diferentes inibidores da COX-2, como a IMN, pode ser importante para o desenvolvimento de novos anti-inflamatórios sintéticos não seletivos.