El control interno en las instituciones públicas del Ecuador es aplicado con base en el ordenamiento reglamentario expuesto por la Contraloría General del Estado, no obstante, el GAD Municipal de Morona no cuenta con procedimientos de control interno definidos para la recaudación de los tributos, de manera particular, para el impuesto predial. En consecuencia, se propone en esta investigación diseñar un sistema de control interno tributario basado en el modelo COSO I que contribuya con la recaudación de los impuestos prediales. Los datos para el análisis se levantaron de forma transversal apoyados en la aplicación de encuestas y entrevistas. Entre los principales resultados se detectó que la institución tiene problemas para administrar los riesgos asociados a la recaudación de los impuestos prediales, exponiéndose a un riesgo financiero alto.