Introducción. En las últimas décadas se ha incrementado el interés por el cultivo de ají tabasco en Colombia, sin embargo, se han observado limitantes en la producción, debido a problemas fitosanitarios. Especies del género Fusarium ocasionan pudriciones de raíz y tallo con pérdidas cuantiosas para los agricultores, por lo cual es importante encontrar alternativas de manejo a la marchitez vascular ocasionada por Fusarium spp. Objetivo. El objetivo de este trabajo fue aislar y caracterizar bacterias endófitas, con potencial antagónico in vitro frente a Fusarium spp., en plantas de ají tabasco (Capsicum frutescens var. Tabasco). Materiales y métodos. En el periodo entre febrero de 2014 a febrero de 2016, se evaluó la capacidad antagónica in vitro de 68 aislados bacterianos endófitos de tejido foliar C. frutescens, provenientes de dos municipios del Valle del Cauca, Colombia. Las bacterias aisladas fueron enfrentadas a seis aislamientos patogénicos de Fusarium spp, mediante el método de crecimiento dual. Resultados. Cincuenta de los aislados bacterianos presentaron porcentajes de inhibición frente al menos un aislado de Fusarium y de estos, dieciséis presentaron porcentajes de inhibición por encima del 40 %. La morfología, perfil bioquímico y caracterización molecular, permitieron determinar que los aislados identificados como Bacillus subtillis y Pseudomonas aeruginosa, mostraron promedios de inhibición entre 62 y 89 %, altos con respecto a los reportados anteriormente en otros estudios. Además, se destacan como nuevos hallazgos de bacterias asociadas al tejido vegetal endófito de C. frutescens, en el Valle del Cauca, Colombia, a las especies Enterobacter cloacae, Microbacterium arborescens, y Stenotrophomonas maltophilia. Conclusión. Estos resultados constituyen una fuente potencial para el manejo de patógenos y mejoramiento de la productividad en el ají tabasco en Colombia.

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