El presente estudio tiene como objetivo determinar la presencia de compuestos bioactivos (nutracéuticos) y actividad antimicrobiana frente a Salmonella enteritidis y Escherichia coli en las semillas de papaya andina (Vasconcellea pubescens A. DC) con el propósito que pueda ser utilizado en un futuro en la elaboración de alimentos funcionales para la prevención de enfermedades. Se realizaron extractos metanólico y clorofórmico al 10% de las semillas para determinar polifenoles, flavonoides, capacidad antioxidante (ensayos ABTS y DPPH), actividad antimicrobiana frente a las cepas. Se realizó extracción del aceite para el perfil de ácidos grasos. Se obtuvieron los siguientes resultados: El contenido de flavonoides 3.83 ± 0.18 mg ECQ/g, contenido de polifenoles 11.69 ± 0.04 mg equivalente ácido gálico/ g, capacidad antioxidante por DPPH 1.86 ± 0.44 ug TEAC /g y ABTS 0.03 ± 0.01ug TEAC /g. El tipo de ácidos grasos predominante fue el insaturado (80.01%), donde se encuentra el ácido oleico en mayor proporción (67.12 ± 1.45%), cuenta con la presencia de ácido palmítico, linoleico, esteárico. No se observó actividad antimicrobiana de los extractos frente a Salmonella enteritis o Escherichia coli. En conclusión, en ambos tipos de extractos se observaron resultados positivos frente a actividad antioxidante, así como contenido de polifenoles y flavonoides, no presentaron actividad antimicrobiana, el aceite de semillas presenta ácidos grasos. Las semillas de papaya andina (Vasconcellea pubescens A. DC) presentan compuestos bioactivos y actividad antioxidante y podría ser usado como ingrediente en la elaboración de un alimento funcional.