Neosporosis is an important cause of abortion in cattle and information on their genetics and host parasite relationships are desirable. Neospora caninum samples obtained from 24 bovine fetuses from Minas Gerais, were genetically analyzed in part of the rDNA region, coding for rRNAs. Previously, brain, heart, liver, skeletal muscle, lung, kidney, spleen, thymus, lymph nodes, ovary or testis, uterus and skin of the ear were analyzed by conventional histopathology and immunohistochemistry. Of these, eight had lesions compatible in the brain and heart and two also in skeletal muscle and liver. Three brains showed antigen identification in immunohistochemistry. Brain and heart tissues were subjected to DNA extraction for PCR, whose product of 588 bp of ITS-1 region was sequenced in three samples. We obtained 96% similarity with dozens of sequences N. caninum deposited in GenBank. The phylogenetic tree showed great conservation among isolates of N. caninum in this study and those deposited in GenBank, while welldefined and specific branches were generated against other Apicomplexa. PCR for this region is useful as a diagnosis, with good analytical specificity, but the ITS-1 region is not suitable for genetic differentiation intra species because the sequences obtained were identical to the others analyzed.Keywords: Bovine, diagnosis, phylogeny, Neospora caninum, PCR. ResumoA neosporose é uma importante causa de abortos em bovinos, e informações sobre sua genética e relação parasito-hospedeiro são desejáveis. Amostras de Neospora caninum, obtidas de 24 conceptos bovinos oriundos de Minas Gerais, foram analisadas geneticamente em parte da região rDNA, codificadora de rRNAs. Previamente, cérebro, coração, fígado, músculo esquelético, pulmão, rim, baço, timo, linfonodos, ovário ou testículo, útero e pele da orelha foram analisados por histopatologia convencional e imuno-histoquímica. Dessas, oito apresentaram lesões compatíveis no encéfalo e coração e dois também no músculo esquelético e fígado. Três cérebros apresentaram identificação antigênica na imuno-histoquímica. Tecidos cerebral e cardíaco foram submetidos a extração de DNA para PCR, cujo produto de 588 pb da região ITS-1 foi sequenciado em três amostras. Obteve-se similaridade de 96% com dezenas de sequências de N. caninum depositadas no GenBank. A árvore filogenética mostrou grande conservação entre isolados de N. caninum deste estudo e aqueles depositadas no GenBank, enquanto ramos bem definidos e específicos foram gerados em relação a outros apicomplexa. A PCR para esta região é útil como diagnóstico, com boa especificidade analítica, mas a região ITS-1 não é apropriada para a diferenciação genética intraespécie, pois as sequências obtidas foram idênticas às demais analisadas.