Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi jenis-jenis pigmen dari mikroalga Nannochloropsis sp. dan mengetahui komposisi pelarut yang dapat memisahkan pigmen secara maksimal. Metode yang digunakan dimulai dari kultur mikroalga Nannochloropsis sp. sampai tahap eksponensial. Ekstraksi dilakukan dengan penambahan aseton dan petroleum eter, selanjutnya ektrak total yang diperoleh, dipisahkan melalui Kromatografi Lapis Tipis dengan pengembang Petroleum Eter (PE):Aseton (80:20), PE:Methanol (95:5) dan Benzena:DE:Methanol (17:2:1). Hasil pemisahan diserap melalui spektrofotometer UV-VIS. Hasil yang peroleh pada semua proses pemisahan, pigmen β- karoten berwarna kuning selalu muncul dengan Rf 1,00. Pigmen lainnya yang dapat diidentifikasi adalah tipeviolaxantin dan tipe astacen. Pelarut PE:Methanol (95:5) mampu memisahkan ekstrak total pigmen lebih banyak dibandingkan dengan pelarut yang lain.