Genome sequencing projects of humans and other organisms reinforced that the complexity of biological systems is largely attributed to the tight regulation of gene expression at the epigenome and RNA levels. As a consequence, plenty of technological developments arose to increase the sequencing resolution to the cell dimension creating the single-cell genomics research field. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) is leading the advances in this topic and comprises a vast array of different methodologies. scRNA-seq and its variants are more and more used in life science and biomedical research since they provide unbiased transcriptomic sequencing of large populations of individual cells. These methods go beyond the previous “bulk” methodologies and sculpt the biological understanding of cellular heterogeneity and dynamic transcriptomic states of cellular populations in immunology, oncology, and developmental biology fields. Despite the large burden caused by mycobacterial infections, advances in this field obtained via single-cell genomics had been comparatively modest. Nonetheless, seminal research publications using single-cell transcriptomics to study host cells infected by mycobacteria have become recently available. Here, we review these works summarizing the most impactful findings and emphasizing the different and recent single-cell methodologies used, potential issues, and problems. In addition, we aim at providing insights into current research gaps and potential future developments related to the use of single-cell genomics to study mycobacterial infection.
Aos que ouviram minhas inquietações e me fizeram acreditar que seria possível... A Deus, Ser superior capaz da ubiqüidade e da criação. Ao meu Orientador Professor Doutor Roberto de Oliveira Brandão, pelo apoio, pela seriedade e competência na orientação da tese. Aos Professores do Curso de Pós-graduação, em especial ao Professor Doutor Benjamim Abdala Júnior, por ajudar no amadurecimento do tema aqui tratado. Às Professoras Doutora Sinclair Pozza Casemiro e Doutora Benilde Justo Lacorte Caniato, pela leitura atenta deste trabalho e pelas valiosas observações quando do exame de qualificação. À Direção da FECILCAM, gestão anterior e atual, e aos colegas do Departamento de Letras pelo apoio em favor do meu afastamento. À CAPES que por meio do programa PICDT-Programa de Capacitação de Docentes e Técnicos, firmado entre CAPES/FECILCAM, concedeu a bolsa auxílio doutorado, sem a qual as dificuldades para a efetivação da pesquisa seriam bem maiores. Não poderia deixar de fazer referência aos amigos Ilda, Terezinha, Érica, Edcléia e Wilson por permitirem discussões e pelas sugestões que fizeram ao longo das várias etapas da tese. De forma especial, quero expressar meus agradecimentos aos meus familiares: meus pais, minhas irmãs, meu marido, meus filhos e ainda, à tia Janetti e vó Nina. Agradeço por usufruir do convívio de pessoas tão importantes que vibram com minhas descobertas e conquistas, renovam minhas energias e me incentivam sempre e, mesmo nos momentos mais difíceis, não poupam afeto e compreensão. Enfim, a todos que, de alguma forma, contribuíram para as minhas conclusões, meus sinceros agradecimentos.
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