Two new species of Imparfinis are described from the trans-Andean region of Colombia. Imparfinis timana is diagnosed by having longer anal fin base , in combination with long adipose fin (24.6-31.3% in SL), 5-6 gill rakers on the first ceratobranchial, 42-43 vertebrae and additional measurements. Imparfinis usmai is distinguished by the combination of first ray of dorsal fin longest, but not projected as a long filament, long adipose fin (21.1-27.0% in SL), maxillary barbel exceeding pelvic-fin base, 39-40 vertebrae, upper caudal-fin lobe pointed and longer than lower lobe, lower lobe rounded, 7-8 gill rakers on the first ceratobranchial, as well as additional measurements. Imparfinis timana is only known from río Guarapas, a small tributary of the upper course of the río Magdalena. Imparfinis usmai is broadly distributed in the upper basin of ríos Cauca and Magdalena, and in the lower Patía river basin. The restricted distribution of I. nemacheir to transAndean drainages (Atrato, Magdalena, and Lago de Maracaibo) is also discussed.Duas novas espécies do gênero Imparfinis são descritas da região transandina da Colômbia. Imparfinis timana é diagnosticada por possuir as nadadeiras adiposa e anal compridas (24,6-31,3% e 12,4-15,5% no CP, respectivamente), 5-6 rastros branquiais no primeiro ceratobranquial, 42-43 vértebras, além de outros caracteres de morfometria. Imparfinis usmai é diferenciada pela combinação do primeiro raio da nadadeira dorsal longo, mas não projetado como um filamento comprido, nadadeira adiposa longa (21,1-27,0% na CP), barbilhões maxilares ultrapassando a base da nadadeira ventral, 39-40 vértebras, lóbulo superior da nadadeira caudal pontiagudo e mais longo que o lóbulo inferior, lóbulo inferior arredondado, 7-8 rastros branquiais no primeiro ceratobranquial e outros caracteres de morfometria. Imparfinis timana é conhecida somente para o rio Guarapas, pequeno tributário da bacia do alto rio Magdalena. Imparfinis usmai é amplamente distribuída nas bacias dos rios Cauca, Magdalena e Patía. A distribuição restrita de I. nemacheir nas bacias da região transandina (Atrato, Magdalena e Lago de Maracaibo) é discutida.