Untuk mendukung Rencana Aksi Nasional Penurunan Emisi Gas Rumah Kaca (GRK), maka diperlukan kebijakan “peningkatan efisiensi energi usaha penangkapan tuna cakalang tongkol di Indonesia Timur” yang didominasi oleh armada pole and line dan hand line. Tujuan dari kajian ini adalah untuk meningkatkan efisiensi energi dalam rangka menurunkan carbon footprint yang dihasilkan oleh usaha penangkapan tuna cakalang tongkol di Indonesia Timur serta analisis kebijakannya. Isu dan permasalahan dikaji berdasarkan hasil penelitian, yang dilakukan dengan metode wawancara dan pengukuran insitu konsumsi BBM serta melakukan Focus Group Discussion dengan stakeholders terkait. Penelitian mendapatkan rerata jejak karbon usaha penangkapan armada pole and line dan handline didaerah tersebut adalah 0,6813 dan 0,9425 ton CO2 eq /ton hasil tangkapan Kajian menghasilkan rekomendasi kebijakan yang terdiri dari: penyusunan baseline emisi GRK usaha perikanan Nasional, meningkatkan efisiensi energi melalui pembuatan energy efficiency index kapal ikan Nasional, pelatihan manajemen operasional kapal, penggunaan sistem penyimpanan es balok yang lebih baik, pembentukan kelompok nelayan umpan hidup dan pengembangan teknik penangkapan handline yang lebih efisien.In order to support National action plan for the reduction of green house gas (GHG) emissions, a policy on “the improvement of energy efficiency for tuna, skipjack and kawa-kawa fisheries of eastern Indonesia dominated by pole and line and hand line fleets, is required. The purpose of this study is to improve energy efficiency in order to reduce carbon footprint generated by the above fisheries as well as its policy analysis. Issues and problems are reviewed based on the research results conducted by interview, in-situ measurement of fuel consumption, and conducting focus group discussions with relevant stakeholders. The research shows, carbon footprint of pole and line and hand line fleets in eastern Indonesia are 0.6813 and 0.9425 tons CO2 eq / ton of catches respectively. The study resulted in a policy recommendations that consist of the development of GHG emission baseline for National fisheries, training of fishing vessel operational management, the use of better storage system of ice blocks, the development of live bait aquaculture groups and the development of more efficient hand line fishing techniques.