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La desnutrición infantil produce daños físicos e irreversibles en la capacidad cognitiva, trastornos del crecimiento, retrasos motores y cognitivos, disminución de la inmunidad y un aumento de la morbilidad y mortalidad. Este estudio estimó los factores asociados a la desnutrición en menores de cinco años en La Guajira, Colombia. Se realizó un análisis multivariado de corte transversal, a partir de la Encuesta Nacional de Salud Nutricional (ENSIN). Se estimó un modelo logit sobre los determinantes de la desnutrición global. La variable dependiente se construyó como el peso para la edad menor a dos desviaciones estándar. Se estimaron Odds Ratio (OR) ajustados por pesos muestrales para evaluar el riesgo de las variables independientes con sus valores de referencias. Entre los principales hallazgos, se estudiaron 622 niños menores de cinco años de La Guajira, de los cuales 52,7% fueron hombres y 55% vivían en zona rural. El 11,2% de los niños presenta desnutrición global. Ser el sexto hijo o posterior representa un mayor riesgo de desnutrición global (OR=4,07, IC95%=1,50–10,99), mientras que habitar viviendas con servicio de alcantarillado los protege de sufrir este tipo de desnutrición (OR=0,16, IC95%=0,05–0,57). No contar con servicio de alcantarillado y pertenecer a una familia numerosa resultan siendo características de contexto que se asocian con un mayor riesgo de desnutrición infantil en esta región. Afectar estos determinantes sociales permitirá hacer más eficiente la política de vigilancia y control de la desnutrición en este grupo etario.