Intisari— Penelitian di bidang mikrobiologi terutama bakteri seringkali berpatokan pada penentuan jumlah koloni atau Colony Forming Units (CFUs) yang akurat[1]. Untuk mengetahui pertumbuhan suatu bakteri dapat dilakukan dengan menghitung jumlah koloni bakteri. Hal ini biasanya dilakukan secara manual dengan metode hitung cawan. Penghitungan koloni dengan metode hitung cawan dapat dibantu dengan alat yang disebut dengan colony counter. Cara kerja alat ini adalah menandai koloni yang dihitung dengan pen yang terhubung dengan counter. Setiap koloni yang ditandai, akan terhitung secara otomatis. Namun hal ini juga bisa mengakibatkan kesalahan karena ukuran koloni yang relatif kecil dan jumlah koloni yang dihitung relatif banyak, sehingga akan muncul permasalahan yang sama dengan perhitungan koloni dengan cara manual. Teknologi pengolahan citra digital telah banyak dikembangkan untuk membuat aplikasi dalam berbagai bidang, salah satunya adalah pemanfaatan teknologi citra digital dalam bidang biologi untuk analisis citra. Sebelumnya peneliti telah melakukan penelitian serupa yang bertujuan untuk menghitung koloni bakteri dan menghasilkan akurasi sebesar 94% dan peneliti menemukan bahwa beberapa koloni tidak terdeteksi karena terfilter saat preprocessing, sehingga peneliti melakukan penelitian lebih lanjut mengenai preprocessing Kata Kunci—Koloni, Pengolahan Citra, Preprocessing