Introdução: COVID-19 é uma infecção causada pelo novo coronavírus (SARS-CoV-2), sendo declarada pandemia no início de 2020. É responsável por causar Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG) em todas faixas etárias, inclusive pediátrica. Objetivo: Analisar fatores associados à SRAG em pacientes pediátricos infectados por SARS-CoV-2 comparando aos pacientes com Influenza. Métodos: Estudo caso controle realizado com 3133 pacientes pediátricos com SRAG no Brasil entre março e setembro de 2020, através de dados do Sistema de Informação de Vigilância Epidemiológica da Gripe (SIVEP). Dividido em caso (COVID-19) e controle (Influenza), sendo analisadas variáveis sociodemográficas, sintomáticas, comorbidades e evolutivas. Resultados: Caso com 2452 pacientes e controle com 681 pacientes, evidenciado na análise bivariada associação positiva com os casos: faixa etária dos 10-17 anos, área com surto gripal, imunossupressão, diabetes, diarreia e óbito. Por outro lado, associação negativa com tosse e saturação baixa na análise multivariada. Conclusão: São fatores de risco em pacientes COVID-19 possuir idade entre 10-17 anos, morar em área com surto gripal, imunodepressão, diabetes e diarreia. Além de apresentarem maior mortalidade comparada aos pacientes com Influenza.Palavras-chave: COVID-19; Influenza; Síndrome Respiratória Grave Aguda; Fator de risco; Pediatria.