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Na agroecologia, os fungos filamentosos vêm sendo uma alternativa na produção de compostos orgânicos e controle de patógenos, mas pouco se conhece da interação de fungos comestíveis com a microbiota nativa do solo no controle de fitonematoides. Os objetivos deste trabalho foram avaliar a ação nematicida e/ou nematostática do filtrado do meio de cultivo do cogumelo Shiitake (Lentinula edodes) sobre o estádio J2 do nematoide formador de galhas (Meloidogyne incognita) in vitro, bem como analisar o controle desse nematoide e o crescimento da alface cv. ‘Saia Véia’ com o uso do inoculante fúngico associado à microbiota nativa em estufa agrícola. Os filtrados LED AJU1 e LED CHI apresentam atividade nematostática, enquanto os filtrados LED AJU3 e LED CHI apresentam ação nematicida. O substrato colonizado por LED REC1 apresenta atividade nematicida contra M. incognita. A colonização por fungos micorrízicos arbusculares e por fungos endofíticos “dark septate” influencia no crescimento das plantas de alface cv. ‘Saia Véia’ cultivadas com inoculantes do cogumelo Shiitake, mas não interfere na redução do número de galhas.