The aims of this study were to obtain sponge-associated bacteria as biocontrol to inhibit vibriosis in vitro and in vivo, to identify the bacterial isolates based on 16S-rRNA gene, and to detect the presence of nonribosomal peptide synthetase (NRPS), and polyketide synthase (PKS) genes to prove its ability of bioactive compounds synthesis. Aaptos sp. and Hyrtios sp. sponges were collected from Pramuka Island, Jakarta. The isolation using sea water complete (SWC) and zobel marine agar (ZMA) medium obtained 174 isolates. A total 69 isolates were screened successfully based on their antibacterial activity. 47 isolates showed negative haemolysis through hemolytic assays. The pathogenicity test used twelve selected isolates that have a broad spectrum of antibacterial activity and haemolysis negative. The result of pathogenicity test showed that 12 isolates were not pathogenic to the shrimp post larvae with no significantly different (P>0.05) between treatment and negative control. Results of challenge test with Vibrio harveyi have a significant difference survival (70±5.0-90±0.0%) (P<0.05) compared with positive control (38.3±2.9%). Genetic analysis based on 16S-rRNA revealed the groups of three genera belonged to Pseudomonas, Staphylococcus, and Alcaligenes. Based on amplification of NRPS and PKS genes, four bacterial isolates have been detected to have only NRPS gene, one isolate has only PKS, and one isolate has both genes. The results indicate that the potency of six sponge-associated bacteria as bioactive compounds producers.Keywords: NRPS, PKS, anti-vibriosis, Pacific white shrimp ABSTRAKPenelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat bakteri asosiasi spons yang mempunyai kemampuan dalam menghambat vibriosis secara in vitro, in vivo dan mendeteksi gen 16S-rRNA, nonribosomal peptide synthase (NRPS) serta polyketide synthase (PKS) untuk memastikan kemampuan mensintesis senyawa bioaktif. Spons Aaptos sp. dan Hyrtios sp. berhasil dikoleksi dari perairan Pulau Pramuka, Kep. Seribu Jakarta. Isolasi bakteri dengan menggunakan media sea water complete (SWC) dan zobel marine agar (ZMA) diperoleh 174 isolat. Sebanyak 69 isolat terdeteksi memiliki aktivitas antibakteri. Uji hemolisis menunjukkan 47 isolat adalah hemolisis negatif. Uji patogenisitas menggunakan 12 isolat terpilih yang memiliki spektrum luas dan hemolisis negatif. Hasil uji patogenisitas tehadap 12 isolat menunjukkan bahwa semua isolat tidak bersifat patogen terhadap pascalarva udang vaname. Hal ini dibuktikan dengan sintasan pascalarva udang vaname yang tidak berbeda nyata (P>0,05) dengan kontrol negatif. Hasil uji tantang terhadap Vibrio harveyi diketahui sintasan pascalarva udang vaname (70±5,0-90±0,0%) memiliki perbedaan yang signifikan jika dibandingkan dengan kontrol positif (38,3±2,9%). Berdasarkan analisis sekuen gen 16S-rRNA, menunjukkan bahwa isolat-isolat tersebut memiliki kemiripan dengan genus Pseudomonas, Staphylococcus, dan Alcaligenes. Deteksi gen NRPS dan PKS menggunakan PCR diperoleh empat isolat bakteri memiliki hanya gen NRPS, s...

Koi herpesvirus (KHV) and carp edema virus (CEV) are potential risks for the koi trade and for global common carp aquaculture. Due to the severe impact of both viruses, a robust diagnostic tool was required, capable of detecting and distinguishing both infections with high accuracy and precision. The aim of this study was to describe a real-time duplex TaqMan PCR assay for simultaneous detection of KHV and CEV in common carp and koi. Two pairs of primers with two TaqMan probes were used to amplify specific and conserved regions of KHV and CEV DNA. This assay was confirmed to be sensitive and specific. Limit of detections of the assay were 15 DNA copies/µL for KHV and 150 DNA copies/µL for CEV, respectively. This assay was able to identify and distinguish CEV and KHV, but was unable to identify other pathogens and sample matrices. For clinical validation, 18 KHV and CEV positive samples each, as well as 12 negative samples were tested with three different test methods, i.e., real-time duplex PCR, real-time simplex PCR, and conventional PCR. All three tests provide optimal conformity of results. The results showed that real-time duplex PCR was able to detect the presence and distinguish each pathogen in infected fish. This real-time duplex PCR assay is a rapid, sensitive, and specific test for detecting KHV and CEV in carp fish, thus it can be considered a valid alternative assay in aquaculture clinical laboratories.   Keywords: Cyprinus carpio, CEV, diagnostic, KHV, real-time duplex PCR   ABSTRAK   Koi herpesvirus (KHV) dan carp edema virus (CEV) merupakan risiko potensial untuk perdagangan koi dan budidaya ikan mas global. Karena dampak dari keduanya yang parah, maka diperlukan perangkat diagnostik yang tangguh, yang mampu mendeteksi dan membedakan keduanya dengan akurasi dan presisi yang tinggi. Tujuan dari penelitian ini adalah menjabarkan pengujian real time TaqMan PCR dupleks untuk mendeteksi KHV dan CEV pada ikan mas dan koi secara simultan dalam satu reaksi. Dua pasang primer dengan dua TaqMan probe digunakan untuk mengamplifikasi wilayah spesifik dan lestari dari DNA KHV dan CEV. Pengujian ini terbukti sensitif dan spesifik. Sensitivitas dari pengujian ini adalah 15 kopi DNA/µL untuk KHV dan 150 kopi DNA/µL untuk CEV. Pengujian ini mampu mengidentifikasi dan membedakan CEV dan KHV, tetapi tidak dapat mengidentifikasi patogen lain dan matriks sampel. Untuk validasi klinis, masing-masing 18 sampel positif KHV dan CEV, serta 12 sampel negatif diuji dengan tiga metode pengujian yang berbeda, yaitu real-time PCR dupleks, real-time PCR tunggal dan PCR konvensional. Ketiga pengujian tersebut memberikan kesesuaian hasil yang optimal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa real-time PCR dupleks mampu mendeteksi keberadaan dan membedakan setiap patogen pada ikan yang terinfeksi. Uji real-time PCR dupleks ini merupakan pengujian yang cepat, sensitif, dan spesifik untuk mendeteksi KHV dan CEV pada ikan koi dan mas, sehingga dapat dipertimbangkan sebagai pengujian alternatif yang valid di laboratorium klinis akuakultur.   Kata kunci: Cyprinus carpio, CEV, diagnostik, KHV, real-time PCR dupleks