RESUMELe but de cette étude est de surveiller la qualité des eaux de la Merja Fouarat par l'utilisation des diatomées benthiques comme bio-indicateurs et des variables chimiques telles que DBO5, ammoniums, nitrites et phosphates. L'évolution spatio-temporelle des valeurs de l'Indice de pollution organique (IPO) et de l'indice diatomique Leclercq (IDL), montrent que l'eau de la Merja Fouarat est fortement polluée à cause des rejets non traités des eaux usées domestiques et industrielles. L'IDL et L'IPO se classent dans le même niveau de pollution avec un écart faible (0,27-0,3-0,5-0,2-0,3), témoin que les diatomées intègrent les variations des facteurs polluants. Par ailleurs, les espèces rencontrées possèdent un caractère alcaliphyle prononcé avec une abondance des espèces résistantes à la pollution organique.