Penelitian keragaman zooplankton di Sungai Pepe telah dilaksanakan pada bulan Januari-Februari 2016. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji jenis dan keanekaragaman komunitas zooplankton di perairan Sungai Pepe. Penelitian ini bersifat explorative. Teknik yang digunakan untuk pengambilan sampel adalah metode sampling dengan menetapkan dua stasiun penelitian. Stasiun A sebagai bagian hilir Sungai Pepe yang berlokasi di daerah Sangkrah dan stasiun B sebagai bagian hulu Sungai Pepe yang berlokasi di daerah Banjarsari. Hasil identifikasi zooplankton ditemukan sebanyak 12 genus dari 5 divisi utama yakni Ciliophora (2 genus), Rotifera (5 genus), Arthropoda (1 genus), Protozoa (3 genus) dan Platyhelminthes (1 genus). Kelimpahan zooplankton (N) berkisar antara 32sel/liter sampai 40 sel/liter. Indeks keanekaragaman (H’) berkisar antara -1,21 sampai – 1,69 yang mengartikan komunitas biota tidak stabil. Indeks kemerataan (E) berkisar antara -0,52 sampai – 0.70 yang mengartikan kemerataan spesies rendah. Indeks dominansi berkisar antara 0,47 sampai 0,27 yang berarti tidak ada spesies yang mendominasi dalam perairan tersebut. Hasil tersebut menunjukkan bahwa dibutuhkan perhatian khusus agar komunitas zooplankton di Perairan Sungai Pepe dapat distabilkan dengan mengurangi pencemaran lingkungan.