Penelitian mengenai keragaman plankton di wilayah perairan Waduk Cenglik Boyolali masih sangat sedikit. Penelitian bertujuan untuk: mengidentifiasi keragaman jenis plankton yang berada di wilayah perairan Waduk Cengklik Boyolali. Metode pengambilan sampel dilakukan secara purpossive random sampling yaitu metode pengambilan sampel secara acak berdasarkan tujuan tertentu yang ditargetkan dalam penelitian. Pengambilan sampel akan dilakulan di bagian tepi waduk utama dekat pintu masuk waduk dan lokasi berikutnya adalah di bagian tengah waduk dengan menggunakan perahu. Pengambilan sampel dilakukan pada pagi dan sore hari dengan harapan menemukan plankton yang terkategori fioplankton dan zooplankton. Sampel plankton kemudian diidentifikasi di laboratorium Pendidikan Biologi FKIP UMS. Hasil yang didapatkan berupa jenis-jenis plankton yang terdiri dari fioplankton yang merupakan produsen di perairan dan zooplankton yang merupakan konsumen I di perairan. Indeks keanekaragaman zooplankton di Waduk Cengklik Boyolali didominasi oleh phylum Rotifera dan disusul oleh phylum Sarcomastigophora yang berkisar antara -3,30 sampai -3,35, sedangkan indeks keanekaragaman fioplankton didominasi oleh divisi acillariophyta yang berkisar antara -2,43 sampai -3,08 yang menunjukkan bahwa komunitas biota tidak stabil disebabkan karena kualitas air tercemar berat. Kuantitasi dan jenis plankton yang ada mengindikasikan kualitas perairan tersebut.