Objetivo: Estudiar cómo el desarrollo de las habilidades sociales y la inteligencia emocional, influyen en el desempeño académico de los estudiantes de secundaria.  Método: En este artículo se busca analizar de forma cuantitativa y mediante las técnicas de análisis no supervisado: Análisis de Componentes Principales (PCA), Clúster Jerárquicos y Reglas de Asociación, la incidencia en el rendimiento académico, de factores socio-emocionales y de estilos de aprendizaje, para una muestra de 494 estudiantes de secundaria de la Institución Educativa Ciudad Verde de Soacha Cundinamarca, Colombia. Resultados: Desde los resultados del estudio se concluye heterogeneidad en el desarrollo de las habilidades sociales, la inteligencia emocional y los estilos de aprendizaje de los estudiantes, de forma que se observan distintos niveles de asociación entre estos factores y el rendimiento académico. Discusión y Conclusiones: También se identifican tres grupos o clusters de estudiantes, desde los cuales es posible plantear sugerencias para la implementación de estrategias en la institución educativa, que buscan fortalecer su formación integral y mejorar su calidad educativa.