La Reserva de la Biósfera Los Petenes (RBLP) se localiza en la costa de Campeche, en el Golfo de México. En este ecosistema destacan la fauna nectónica por su abundancia y diversidad, y la amplia cobertura de pastos marinos. El objetivo del presente trabajo fue analizar las asociaciones de los peces dominantes en un marco de variabilidad ambiental temporal (época de secas y época de lluvias) y nictemeral (día y noche). Se realizaron seis campañas de muestreo entre diciembre 2010 y octubre 2011, en un sitio ubicado cerca de Isla Jaina en la región central de la RBLP. Se recolectaron muestras biológicas cada 2 h en un período de 24 h y se realizaron mediciones de temperatura, salinidad, oxígeno disuelto y pH del agua. Se identificaron todos los peces, determinando a las especies dominantes. Las asociaciones interespecíficas y las relaciones entre abundancia y variables ambientales se establecieron mediante técnicas estadísticas de clasificación y ordenación. Se capturaron 10 602 peces con un peso conjunto de 163.62 kg, identificando 44 especies, agrupadas en 33 géneros y 23 familias, de las cuales, 14 resultaron dominantes, destacando la abundancia de Haemulon plumierii. Los dendrogramas específicos construidos por época climática y ciclo nictemeral permitieron identificar tres grupos funcionales. El análisis de correspondencias canónicas para la época de secas destacó relaciones entre salinidad y pH con la abundancia de Eucinostomus gula, Acanthostracion quadricornis y Haemulon aurolineatum. En la época de lluvias, se asoció el oxígeno disuelto con Lagodon rhomboides. No se encontraron diferencias significativas entre las agrupaciones por época climática.