Tecnólogo médico; b biólogo; c magister en Microbiología; d doctor en Ciencias Médicas; e magister en Bioquímica, Biología Molecular y Biomedicina; f magister en Bioinformática; g doctor en Bioquímica y Biología Molecular
Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/μL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 μL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83–0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.
ResumeObjectiveThe goal of this study is to determine the presence of SARS-CoV-2 in food surfaces and public space surfaces in 3 districts of Lima, Peru.Material and methodsCross-sectional descriptive study, carried out in the districts of San Juan de Lurigancho, San Martin de Porres and Villa el Salvador. Surfaces that were exposed to the greatest user manipulation were selected, samples were swabbed for 4 weeks and transported to the laboratory to determine the presence of the virus.Results1095 inert surface samples and 960 food surface samples were evaluated for the identification of SARS-CoV-2 by the RT-PCR molecular test, whereby only one sample from an ATM (Automated Teller Machine) was positive.ConclusionsMost of the inert and food surfaces evaluated did not show the presence of SARS-CoV-2 during the time of sample collection. Despite the negative results, the frequency of disinfection measures should be maintained and increased, especially on inert high-contact surfaces, and hygiene measures on food should be continue.
Objetivo. Describir las características clínico-epidemiológicas y el perfil de resistencia de los casos de tuberculosis extensivamente resistente (TB-XDR) diagnosticados en Perú entre los años 2013 y 2015. Métodos. Estudio descriptivo que incluyó a los pacientes que cumplían con la definición de TB-XDR y que fueron notificados al sistema nacional de vigilancia epidemiológica del Ministerio de Salud del Perú. Se realizó un análisis descriptivo y se elaboró un mapa de calor basado en la estimación de densidad Kernel para identificar la distribución espacial. Resultados. Se estimó que los casos de TB-XDR diagnosticados como nuevos representaron 7,3% del total de casos de tuberculosis multidrogorresistente (TB-MDR) reportados para el período de estudio, 74% de los casos tenían entre 15 y 44 años y la relación hombre/mujer fue de 1,7. La mitad de los departamentos reportó al menos un caso de TB-XDR, con 42% de casos nuevos sin ningún antecedente de resistencia ni tratamiento previo. En la otra mitad de los departamentos, la mayoría tenían resistencia previa tipo MDR y de tipo pre-XDR. El 57,7% de los casos presentaron resistencia a 5 y 7 drogas y 41,6% presentaba resistencia a 8 y 10 drogas de primera y segunda línea. Conclusiones. Este estudio ofrece detalles importantes del perfil epidemiológico de la TB-XDR en el Perú, donde se muestra un incremento de los casos de TB-XDR primario; es decir, casos sin antecedentes de enfermedad previa. Además, esta forma de tuberculosis se ha extendido a un mayor número de departamentos del país.
Vibrio parahaemolyticus is a marine microorganism that can cause seafood-borne gastroenteritis in humans. The infection can be spread and has become a pandemic through the international trade of contaminated seafood. Strains carrying the tdh gene encoding the thermostable direct hemolysin (TDH) and/or the trh gene encoding the TDH-related hemolysin (TRH) are considered to be pathogenic with the former gene being the most frequently found in clinical strains. However, their distribution frequency in environmental isolates is below 1%. Thus, very sensitive methods are required for detection and quantitation of tdh+ strains in seafood. We previously reported a method to detect and quantify tdh+ V. parahaemolyticus in seafood. This method consists of three components: the most-probable-number (MPN), the immunomagnetic separation (IMS) targeting all established K antigens, and the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) targeting the tdh gene. However, this method faces regional issues in tropical zones of the world. Technicians have difficulties in securing dependable reagents in high-temperature climates where we found MPN underestimation in samples having tdh+ strains as well as other microorganisms present at high concentrations. In the present study, we solved the underestimation problem associated with the salt polymyxin broth enrichment for the MPN component and with the immunomagnetic bead-target association for the IMS component. We also improved the supply and maintenance of the dependable reagents by introducing a dried reagent system to the LAMP component. The modified method is specific, sensitive, quick and easy and applicable regardless of the concentrations of tdh+ V. parahaemolyticus. Therefore, we conclude this modified method is useful in world tropical, sub-tropical, and temperate zones.
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