Organic standards require changes in management practices so that health, fertility, and overall fitness are more important than on conventional dairy farms and require different selection objectives. A survey involving 18 (40%) Ontario organic dairy farms was carried out to collect data on their production systems, breeding policies, and concerns. Compared with conventional farms, organic farms had lower milk production, lower replacement rate, higher somatic cell count, and a much higher rate of crossbreeding. Actual culling rate was 21%, and the main causes were fertility, mastitis, feet and legs, production, and old age. The major areas of concern expressed by organic dairy farmers were related to grazing traits, fertility, health, and longevity. An organic total merit index was developed based on the subjective scores for traits with a genetic evaluation in Canada. The relative weights of production to fitness traits (28:72) were substantially different from those in the Canadian Lifetime Profit Index (54:46), but similar to those used in conventional indices in Sweden and Denmark and in the Swiss organic index. The overall weight on health traits was 2.5 times higher in the organic index and, among fitness traits, the emphasis was substantially higher for lactation persistency, somatic cell score, and body capacity. Correlations between the organic index and Lifetime Profit Index were 0.88 for all bulls proven in Canada, 0.70 for the top 1,000, and 0.65 for the top 100, indicating that a different group of bulls would rank at the top of these 2 indices. When the top 100 bulls for either index were compared, those selected for the organic index were about 0.5 standard deviations lower for all yield traits, but were much better for body capacity and somatic cell score, and 0.25 standard deviations higher for herd life, feet and legs, udder conformation, and lactation persistency. Given the small population size, a separate breeding program for an organic management system is not viable in the foreseeable future. However, the organic index would allow producers to rank proven bulls in accordance with their perceived needs.

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Summary Six different variance structures were simulated across herds to fit a real data structure with 197 335 lactations in 924 herds. The homogeneity case, as well as different combinations of heterogeneous variances across herd‐year‐seasons (HYSs) were considered. A positive correlation of 0.4 was assumed between average production and phenotypic standard deviation within HYS. Two animal models, with and without sire‐by‐herd (S × H) interaction, were compared in their ability to rank the best animals. The interaction term was used as a correction factor for heterogeneity. In terms of accuracy of genetic proofs and estimated genetic progress, the model including the S × H interaction effect resulted in less accurate genetic proofs compared to a model without S × H interaction. Decrease in accuracy was greater for sires (‐ 0.03) than for cows (‐ 0.01). The estimated genetic progress was 2‐3% lower when fitting the interaction into the model than when not considering S × H effects. Résumé Effet de l'interaction taureau par troupeau avec hétérogenété de variance intertroupeaux. I. Progrès estimé Six différentes structures de variance inter‐troupeaux ont été modélisées pour reproduire la structure réelle d'un fichier de données ayant 197335 lactations distribuées dans 954 troupeaux. La situation d'homogénéité en plus de différentes combinaisons d'hétérogénéité des variances entre les effets troupeau‐année‐saison (HYS) ont été considérées. Une corrélation positive de 0,4 a été supposée entre la moyenne de production et la déviation standard phénotypique à l'intérieur des HYS. Deux modèles individuels, avec et sans l'interaction taureau par troupeau (S × H), ont été comparés pour leur capacité à classer les meilleurs animaux. Le terme d'interaction a été employé en tant que facteur de correction de l'hétérogénéité. En ce qui concerne la précision de l'évaluation (et le progrès génétique estimé), le modèle incluant l'interaction S × H a donné des valeurs génétiques moins précises que le modèle ne l'incluant pas. La diminution de la précision a été supérieure pour les taureaux (‐ 0,03) que pour les vaches (‐ 0,01). Le progrès génétique estimé a été de 2‐3% plus faible en présence de l'interaction S × H. Resumen Efecto de la interacción semental por rebano en el caso de variación heterogenea entre rebanos. I. Estimación de mejora genética Seis formas de varianza fueron simuladas entre rebaños para ajustar los datos reales de 197 335 lactaciones en 924 rebaños. Se consideró tanto el caso de homogeneidad como las distintas varianzas heterogeneas entre rebaño‐año‐estación (HYS). Se asumió una relación positiva de 0,4 entre la media de producción y la desviación standard en HYS. Se compararon dos modelos, uno con interacción entre semental y rebaño (S × H) y otro sin dicha interacción, en su capacidad para clasificar los mejores animales. La interacción se utilizó como factor de corrección para la heterogeneidad. En términos de precision en el examen genético y en la estimación de mejora genética, el modelo que incluyó el ...

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Summary Six different variance structures were simulated across herds. Data structure corresponded to a sample data set and comprised 197 335 lactations of 82 062 cows distributed in 924 herds. The homogeneity case, as well as different combinations of heterogeneous variances, were considered. Variances were varied assuming a positive correlation of 0.4 with herd‐year‐season (HYS) average production. Two animal models, with and without sire‐by‐herd (S × H) interaction, were compared through within‐HYS variance components estimates. A regression‐analysis method was used for the estimation. Correlations between estimated and true variance components within HYS were around 0.7 for subclasses with at least 20 observations. The model fitting a S × H interaction showed a reduced correlation with true values and HYS average production, but the reduction, although significant, was very small (‐ 0.02). Thus, the effect of the interaction in absorbing heterogeneous variance was very small. Résumé Effet de l'interaction taureau par troupeau avec hétérogenété de variance intertroupeaux. II. Estimation des composantes de la variance intra‐troupeau Six différentes structures de variance inter‐troupeaux ont été modélisées. La structure provenant d'un fichier de données a été conservée. Ce fichier était composé de 197 335 lactations provenant de 82 062 vaches distribuées dans 924 troupeaux. La situation d'homogénéité en plus de différentes combinaisons d'hétérogénéité des variances ont été considérées. Les variances ont été modifiées en supposant une corrélation positive de 0,4 avec la moyenne de production des effets troupeau‐année‐saison (HYS). Deux modèles individuels, avec et sans l'interaction taureau par troupeau (S × H), ont été comparés au moyen des estimations des composantes de la variance intra‐HYS. Une méthode d'analyse de régression a été employée pour l'estimation. Des correlations entre les composantes de la variance intra‐HYS estimées et vraies de 0,7 ont été obtenues pour les groupes ayant un minimum de 20 observations. Le modèle incluant l'interaction S × H a montré une corrélation réduite avec les valeurs vraies et la moyenne de production des HYS. Cependant, cette réduction significative était très petite (‐ 0,02). Ainsi, l'effet de l'interaction dans l'absorption de la variance hétérogène s'est révélé très faible. Resumen Efecto de la interacción semental por rebano en el caso de variación heterogenea entre rebanos. II. Estimación de los componentes de varianza entre‐rebanos Seis formas de varianza fueron simuladas entre rebaños. Los datos fueron tornados de una muestra real en las que se consideraron 197 335 lactaciones de 82 062 vacas distribuidas en 924 rebaños. Se consideró tanto el caso de homogeneidad como las distintas combinaciones de variaciones heterogeneas. Las variaciones fueron combinadas asumiendo una correlación positiva de 0,4 en la media de producción por rebaño‐año‐estación (HYS). Se compararon dos modelos, con y sin interacción del semental por rebaño (S × H), para estimar los componentes ...