La apicultura en México se sostiene con subespecies de abejas (Apis mellifera L) europeas y africanizadas. Debido a la dificultad en la diferenciación morfológica de las poblaciones Europeas (E) y Africanizadas (A) de A. mellifera, el objetivo de este trabajo fue realizar un análisis comparativo entre la técnica morfométrica FABIS, contra el diagnóstico empleando el polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP) del ADN mitocondrial (ADNmt). Se emplearon muestras de abejas procedentes de 135 colonias comerciales (CC), 15 colonias pie de cría (CPC) y 3 colonias silvestres (CS) localizados en diferentes municipios del estado de Tabasco (N=153). Ambos métodos de diagnóstico, identificaron a las CPC como europeas y las CS como africanizadas, pero en las CC el método FABIS no pudo definir 9 colonias, dándolas como sospechosas (S) y otras 50 no coincidieron con el resultado del método molecular, por lo que, en total ambos métodos coincidieron en 94 identificaciones (61.44 %). El agrupamiento bayesiano basado en el análisis de las doce variables morfométricas mostró que las categorías A-CC y E-CC, forman un grupo cercano a la categoría E-CPC; mientras que la categoría A-CS presentó la mayor distancia formando un grupo aislado. Por lo tanto, abejas de CC tienen características morfométricas tendientes a abejas E-CPC. Este trabajo también pretende ser una contribución a la falta de registros sobre la africanización en el estado de Tabasco. Se recomienda emplear el método molecular para discriminar entre abejas E/A, por no estar afectado por los factores ambientales.