La contaminación por metales pesados es actualmente uno de los problemas ambientales más serios y complejos de tratar. Las pilas de lixiviación de las industrias mineras se caracterizan por su elevado contenido en metales disueltos, además de ser considerado un hábitat propicio para el desarrollo de microorganismos resistentes. Entre ellos, aquellos microorganismos autóctonos con adaptaciones fisiológicas que le permiten tolerar elevadas concentraciones de metales pesados los cuales son considerados como candidatos para procesos de biorremediación. Por esto, el objetivo de este estudio fue aislar y seleccionar cepas de hongos filamentosos con potencialidad para la remoción de metales pesados. Se tomaron muestras de pilas de lixiviación de la Mina Hualilán en la provincia de San Juan (Argentina). El aislamiento de los hongos filamentosos se llevó a cabo en medio Sabouraud-glucosa-agar con antibióticos y se identificaron por técnicas de biología molecular (amplificación y secuenciación del fragmento ADNr 18S y 26S, ITS1, ADNr 5.8S e ITS2). Se estudió la tolerancia a Cu (II) y Pb (II) en placas con medio PDA con concentraciones entre 25 y 800 ppm de cada metal. Las condiciones de incubación fueron a 28ºC durante un período de total desarrollo de los hongos comparado con una placa control (sin metal), midiendo diámetros de crecimiento. Se realizó un análisis estadístico haciendo un análisis de varianza y prueba de comparación de promedios Duncan, con el programa estadístico Anova multifactorial bajo un diseño experimental completamente al azar con arreglo factorial 2x6x1, una caja Petri como unidad experimental, y tres repeticiones. Como resultado se aislaron tres cepas: Penicillium simplicissimum, Fusarium sp y Penicillium funiculosum. Los hongos identificados presentan tolerancias a distintas concentraciones de soluciones de los metales, donde la cepa más tolerante fue Penicillium simplicissimum.