La presente investigación es una alternativa para afrontar la actual condición de las clases virtuales que se viene desarrollando como efecto de la pandemia del Covid-19 en una Universidad del norte de Lima, cuyo objetivo fue determinar sí un programa de innovación pedagógica virtual se relaciona con la motivación en estudiantes de una universidad del norte de Lima. Para tal efecto la metodología empleada fue de tipo básica, de enfoque cuantitativo, de diseño no experimental- transversal y de alcance correlacional. Se empleó la encuesta como técnica y el instrumento fue el cuestionario. De tal manera que en los resultados del análisis inferencial se empleó el estadístico de Rho de Spearman cuyo resultado fue de 0.558, con p-valor de 0.000<0.05. Concluyendo que cuando el programa de innovación pedagógica virtual se ejecuta de manera adecuada teniendo en cuenta las herramientas digitales que facilita la universidad, esta tiene como efecto directo que la motivación en los estudiantes de una universidad del norte de Lima se mejore en ese mismo sentido y se obtenga de ellos, el entusiasmo que se requiere para que aprendan sin desconectarse de la clase, del docente y de su aprendizaje