Várias pessoas foram muito importantes durante este período da minha vida. Começo agradecendo aos membros do Laboratório de Genômica e Expressão, todos muito talentosos, divertidos e acolhedores. Um agradecimento à parte para o Mario Barsottini, por sempre me ajudar com as minhas dúvidas e perguntas, e para a equipe de bioinformática, com quem convivi diariamente por mais de dois anos e sem dúvidas, deram mais brilho aos meus dias.Três figuras foram especialmente marcantes no meu desenvolvimento e a quem admiro muito. Agradeço ao Gonçalo Pereira, por me dar a oportunidade de fazer parte de uma equipe excelente e sempre me motivar com sua atitude positiva. Ao meu orientador Marcelo Carazzolle, por sua supervisão com muita paciência, atenção e extrema competência. À minha coorientadora Juliana José, pelo seu conhecimento e por estar do meu lado para me dar apoio, sempre que precisasse. Com certeza, espero um dia me tornar um profissional como vocês.Agradeço à Fundação CAPES pelo financiamento durante o meu mestrado e à Unicamp e ao Instituto de Biologia por fornecerem uma boa estrutura e ambiente de grande excelência acadêmica.Agradeço à Yukari, a minha grande parceira, amiga e companheira, por sempre me apoiar e me dar forças para enfrentar novos desafios.E finalmente, agradeço aos meus pais, que me deram muito carinho e uma vida cheia de oportunidades. Saibam que todas as minhas conquistas começaram com vocês. Muito obrigado!
ResumoMoniliophthora perniciosa é o fungo basidiomiceto responsável pela doença vassourade-bruxa, que atinge árvores de cacau (Theobroma cacao), comprometendo seriamente a produção de cacau ao ser introduzido no estado da Bahia. O fungo é categorizado em três biótipos de acordo com o grupo de hospedeiros que infecta. O biótipo-C infecta espécies do gênero Theobroma enquanto o S do gênero Solanum, sendo que a progressão da doença é muito similar em ambos os biótipos. Por último, o L tem lianas como hospedeiro, porém com modo de vida endofítico, não causando sintomas aparentes da doença. Este trabalho investigou o genoma de diversas amostras dos três biótipos em busca de evidências que poderiam explicar as diferenças na patogenicidade e especificidade de hospedeiro. Para isto sequenciamos o genoma de 18 amostras de M. perniciosa e 4 de M. roreri, espécie irmã e também fitopatógena de cacau. Reconstruindo a filogenia da espécie, tivemos indicação de que o biótipo-L divergiu do ancestral de Moniliophthora anteriormente aos outros, e que o biótipo-S seria um grupo parafilético, em que aparentemente há dois subgrupos separados geograficamente. De maneira geral, verificamos que os genomas dos três biótipos de M. perniciosa apresentam um perfil muito parecido, com pouca variação no número e, notavelmente, sequência de genes. A alta presença de retrotransposons, por outro lado, aparenta ser importante para a evolução da espécie e pode ter contribuído no processo de especialização à diversos hospedeiros. Análises que se baseiam na busca de genes sob efeito da seleção positiva nos indicou diversos gene...
