Resumo: A pesquisa objetivou avaliar a qualidade metodológica de diretrizes do Ministério da Saúde brasileiro, da Organização Pan-Americana da Saúde (OPAS) e da Organização Mundial da Saúde (OMS) sobre vigilância e manejo clínico de dengue e chikungunya. Trata-se de um estudo descritivo, no qual a ferramenta Appraisal of Guidelines for Research & Evaluation Reporting Checklist II (AGREE II) foi aplicada por quatro avaliadores, de forma independente e mascarada, para seis diretrizes. Cada avaliador atribuiu um escore de 1 (discordo totalmente) a 7 (concordo completamente) aos 23 itens dos domínios do AGREE II: escopo e propósito; envolvimento das partes interessadas; rigor no desenvolvimento; clareza da apresentação; aplicabilidade e independência editorial. As diretrizes de dengue da OPAS (média = 5,2, DP = 0,8) e da OMS (média = 4,5, DP = 0,5) obtiveram maiores pontuações globais, sendo recomendadas com modificações por todos os avaliadores, e a do Ministério da Saúde (média = 2,7, DP = 0,4) não foi recomendada por um deles. Já as pontuações das diretrizes de chikungunya foram baixas (médias variando de 2,2 a 3,0) independentemente do órgão que as elaborou. Os domínios com maior conformidade foram “clareza da apresentação” (mediana de 84,7%) e “escopo e propósito” (77,1%), e os de menor conformidade foram “independência editorial” (5,2%) e “rigor no desenvolvimento” (9,1%). O estudo identificou lacunas na qualidade metodológica das diretrizes relacionadas, principalmente, à transparência nos processos de busca, seleção das evidências científicas e formulação das recomendações, além de falta de clareza quanto ao financiamento e possíveis conflitos de interesses.
