Nas últimas décadas a suinocultura tornou-se uma importante atividade para o agronegócio brasileiro, com contribuições para o desenvolvimento econômico do país. Contudo, esse setor apresenta um grande potencial poluente, com um elevado custo ambiental relacionado ao processo produtivo. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo estimar a ecoeficiência na produção brasileira de suínos, os preços sombra e os custos totais das emissões de Gases de Efeito Estufa (GEE). O método utilizado para atingir o objetivo proposto foi a Análise Envoltória de Dados combinada com o método de Funções Distâncias Direcionais. Foram estabelecidos dois padrões de dados na pesquisa dos municípios produtores de suínos em nove Estados brasileiros. Para o Padrão 1, em média, os municípios podem elevar a produção em 36,9% e reduzir as emissões de CO2 e na mesma proporção, com a mesma quantidade de insumos. Para o Padrão 2 esse valor foi de 47,22%. Os preços sombra médios ficaram em R$ 3.539,81 no Padrão 1 e R$ 3.677,07 no Padrão 2. As estimativas dos custos totais da redução das emissões de CO2 e foram de R$ 1,37 bilhões, o equivalente a 468% da produção em 2006, para o Padrão 1, e R$ 1,42 bilhões, correspondente a 486% da produção em 2006, para o Padrão 2. Portanto, constatou-se que a incorporação desses custos é praticamente inviável, pois levaria à descontinuidade das propriedades. Desse modo, a pesquisa indica a necessidade de redesenhar um sistema dissuasivo de punições e incentivos, que considere os preços sombra para que os produtores de suínos internalizem as externalidades negativas e busquem compensações para as ações que reduzam as emissões ou utilizem tecnologias mais limpas. A principal contribuição do trabalho é a inclusão da análise de eficiência considerando a variável ambiental, questão ainda pouco abordada na literatura.