O método de ensino da aula expositiva tradicional, baseado na passividade do aluno, tem sido repensado e questionado ao longo dos últimos anos, desde os níveis básicos até a pós-graduação. Entre as metodologias ativas mais utilizadas encontra-se a Aprendizagem Baseada em Problemas (ABP). O objetivo deste estudo foi comparar a motivação e a percepção de aprendizado em alunos na disciplina de embriologia após aulas expositivas tradicionais e após encontros no modelo pedagógico da ABP. Após a discussão dos temas, os alunos responderam a um questionário e os dados coletados foram tabulados e comparados por meio do teste qui-quadrado. Os resultados nos permitem concluir que, a partir do delineamento experimental proposto, os alunos avaliaram melhor o método tradicional e consideram que aprendem mais em aulas expositivas do que na aprendizagem baseada em problemas. No que se refere à motivação para realizar trabalhos em equipe, comuns na técnica da ABP, não observamos diferenças significativas na comparação dos alunos que responderam ao questionário antes e após a metodologia ativa, sinalizando que a atividade do ABP não alterou o ponto de vista dos alunos a respeito dos trabalhos em equipe.