No abstract

In silico technique is widely used for drug discovery because it can predict the conformation of ligands in protein macromolecules and it can calculate the binding affinity. The energy minimization is carried out to make the ligand more stable near the initial state during molecular docking process. The Merck Molecular Force Field (MMFF94) is one type of energy minimization process often used in organic compounds. The molecular docking of substituted oxindole derivatives on indoleamine macromolecules 2,3-dioxygenase (IDO-1, PDB: 2D0T) by MMFF94 minimization operated by MarvinSketch and Open Babel in PyRx showed different results. The binding affinity energy obtained was also quite different, but the ligands have the same conformation and bind the same residue with slightly different bond distances. Keywords: Molecular docking, energy minimization, substituted oxindole, Merck Molecular Force Field 94  Teknik in silico banyak digunakan untuk penemuan senyawa obat karena dapat memprediksi konformasi suatu ligan dalam makromolekul protein dan mampu menghitung nilai afinitas ikatan. Proses minimisasi energi dilakukan untuk menjadikan ligan lebih stabil mendekati keadaan awal selama penambatan molekular berlangsung. Merck Molecular Force Field (MMFF94) adalah salah satu jenis persamaan minimisasi energi yang sering digunakan pada senyawa organik. Hasil pengujian pengaruh minimisasi energi dengan MMFF94 menggunakan program MarvinSketch dan Open Babel dalam PyRx pada turunan oksindola tersubstitusi alkil terhadap makromolekul 2,3-dioxygenase indoleamine (IDO-1, PDB: 2D0T) menunjukkan hasil dengan nilai yang berbeda. Energi afinitas ikatan yang didapatkan juga cukup berbeda, namun ligan memiliki konformasi yang sama dan mengikat residu yang sama dengan jarak ikatan yang sedikit berbeda. Kata kunci: Penambatan molekular, minimisasi energi, oksindola tersubstitusi, Merck Molecular Force Field 94

Senyawa aromatik diterpenoid telah berhasil diisolasi dari ekstrak etil asetat batang mimba (Azadirachta indica) asal Pulau Poteran-Madura yaitu 13-metiallil-nimbiol. Senyawa tersebut telah diisolasi menggunakan metode kromatografi kolom. Pemurnian senyawa dilakukan dengan metode rekristalisasi dengan metode satu pelarut yaitu n-heksana. Penentuan struktur dilakukan menggunakan data spektroskopi IR, 1 H-NMR, 13 C-NMR, NMR 2D serta perbandingan data yang telah dilaporkan sebelumnya. Berdasarkan pengujian antioksidan menggunakan radikal 2,2-difenil-1-pikrihidrazil (DPPH) yang telah dilakukan diketahui bahwa fraksi A5 (IC50 233,08 μg/mL) menunjukkan bahwa fraksi tersebut memiliki aktivitas antioksidan lemah bila dibandingkan dengan vitamin C (IC50 22,22 μg/mL) sebagai kontrol positifnya. Kata kunci: Azadirachta indica, aromatik diterpenoid, antioksidan, 2,2-difenil-1-pikrilhidrazil (DPPH)