Objetivo: O objetivo desse estudo foi avaliar a eficácia do diagnóstico e tratamento de lesões orais entre diferentes níveis de saúde. Material e Métodos: Todas as informações foram obtidas dos prontuários médicos de um Hospital Universitário e de fichas do Sistema Público de Regulação, considerando as características clínico-demográficas tal como, doenças orais diagnosticadas, sistema de referência e terapia empregada. A avaliação foi baseada na relação entre diagnóstico final, hipótese diagnóstica e prioridade para agendamento da consulta, também foi considerado o tempo decorrido entre o encaminhamento e o primeiro atendimento, data do diagnóstico final e início da terapia. Depois, a hipótese diagnóstica preenchida por profissionais de saúde do nível primário e terciário foram comparadas e a concordância entre ambos foi determinada. Resultados: Cerca de 51% dos encaminhamentos preenchidos pelos profissionais da atenção primária estavam incompletos, ou a hipótese diagnóstica estava descrita de forma inadequada. No nível terciário, o tempo médio entre o encaminhamento e a primeira consulta foi de 23 dias, a média entre o diagnóstico final e o início do tratamento foi de 22 dias. O tratamento cirúrgico foi o mais rápido (31 dias) quando comparado a radioterapia para lesões malignas (81 a 100 dias). Conclusão: É necessário melhorar o treinamento de profissionais de saúde da Atenção Básica no reconhecimento de lesões orais malignas. Claramente, o preenchimento adequado das hipóteses de diagnóstico, com o grau de prioridade correspondente acelera o diagnóstico e tratamento do paciente.