Los huertos caseros son una fuente de recursos genéticos, de conocimientos ancestrales y de seguridad alimentaria para la humanidad. El objetivo de este trabajo fue caracterizada la agrodiversidad de los huertos caseros en una zona de la región Andina del sur de Colombia (Ancuya, Nariño), localizado en las coordenadas 1°15`59,52”LN, 77°31`63”LO. Se muestrearon 120 predios en 13 veredas, donde se aplicaron encuestas semiestructuradas con 31 variables. La información se procesó mediante el análisis de Correspondencias Múltiples (ACM), y análisis de agrupamiento. Para el el estudio de la composición florística del huerto tipo, se utilizó la metodología del área mínima. A las especies leñosas se les determinó el diámetro a la altura del pecho (DAP) tomando especies con DAP ≥ a 10cm. Se estimaron variables ecológicas como frecuencia, dominancia, abundancia e índice de valor de importancia (IVI). Se obtuvieron cinco factores que explican el 30,39% de la variabilidad. Predomina el factor uno cuyas variables están relacionadas con la diversidad de especies presentes en los huertos caseros. Se concluye que en la composición florística del huerto tipo, se encontraron 142 especies, entre árboles, arbustos, cultivos alimenticios y medicinales pertenecientes a 126 géneros y 66 familias. La familia predominante es Lamiaceae con 10 especies.