O sucesso do tratamento endodôntico depende de várias etapas, dentre elas, uma correta limpeza e modelagem do sistema de canais radiculares, onde o domínio da variabilidade anatômica representa um dos grandes desafios do endodontista. O Radix Entomolaris (RE) é uma alteração rara no número de raízes dos molares inferiores com localização disto-lingual. O objetivo deste trabalho foi relatar um caso clínico de tratamento endodôntico de um terceiro molar inferior direito (48) com periodontite apical crônica portador de RE. Após a confirmação da variação anatômica atráves de radiografia periapical e tomografia computadorizada cone beam, o referido dente foi explorado com lima K-file #10 (Maillefer®), instrumentado com movimento reciprocante R25 (Reciproc®) utilizando como solução química auxiliar hipoclorito de sódio a 2,5% e obturado pela técnica de condensação lateral. É imprescindível o conhecimento morfológico do sistema de canais radiculares bem como suas variações, assim como, seguir todas as etapas do tratamento endodôntico de forma correta, desde a cirurgia de acesso para facilitar a visualização de um canal extra, bem como sua limpeza e modelagem para uma obturação satisfatória. Almejar o sucesso endodôntico, na presença do RE, requer conhecimento sobre sua anatomia, incidência, uma prévia avaliação clínica, bem como superar possíveis dificuldades encontradas durante o tratamento.