Pandemi Covid-19 telah dirasakan di  sektor pendidikan sehingga harus dilaksanakan program pembelajaran secara daring. Hal ini tentunya   menjadi sangat tidak mudah untuk   dilakukan, khususnya para mahasiswa dituntut untuk tetap melakukan praktikum selama Pandemi Covid-19  demi terlaksananya tujuan pembelajaran. Praktikum merupakan salah satu kegiatan yang sangat  penting, mengingat praktikum dapat   menunjang pemahaman para mahasiswa terhadap materi yang telah disampaikan. Dalam kondisi seperti ini, mata kuliah Biologi Molekular mengadakan praktikum secara daring yang dapat dikerjakan oleh mahasiswa berupa desain primer. Primer merupakan oligonukleotida atau polimer nukleotida pendek berupa DNA atau RNA yang sangat penting pada proses PCR (Polymerase Chain Reaction). Langkah awal dari berhasilnya sekuensing DNA suatu gen adalah desain primer yang baik. Gen yang digunakan yakni gen COI Crocodylus rhombifer dan DNA targetnya yakni buaya kuba (Crocodylus rhombifer). Rujukan untuk menentukan desain primer juga perlu pada suatu penelitian terutama bio molekuler. Aplikasi yang digunakan sebagai penentuan primer dan informasi bio molakuler untuk mengetahui data gen yakni Perl primer dan NCBI. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan software yang digunakan sebagai rujukan desain primer suatu gen. Hasil amplifikasi yang didapatkan yakni  bp dari perl primer yakni 20 bp dari 11 forward dan untuk primer blast NCBI juga mendapatkan 20 bp dari 10 forward.