Perakitan varietas unggul cabai merah toleran Al (Aluminium) merupakan solusi terbaik untuk mengatasi persoalan rendahnya produkvitas cabai di lahan kering masam. Identifikasi tetua toleran dan marka SSR (Simple Sequence Repeats) sangat bermanfaat dalam meningkatkan efektifitas program pemuliaan tanaman untuk merakit varietas toleran terhadap cekaman aluminium. Seleksi primer SSR adalah bagian awal yang penting dalam pengembangan marka molekuler tersebut. Penelitian bertujuan untuk menentukan kelompok genotipe toleran alumunium dan menentukan primer prospektif dalam pengembangan marka SSR untuk sifat toleran terhadap Al pada tanaman cabai. Evaluasi tingkat toleransi 27 genotipe cabai terhadap cekaman aluminium dilakukan menggunakan hidroponik sistem sumbu dengan larutan hara AB mix ditambah 500 ppm AlCl3.6H2O. Tahap selanjutnya adalah menguji 20 primer SSR dalam mengamplifikasi DNA genom cabai toleran dan peka yang mewakili. Hasil analisis cluster sifat toleransi terhadap 27 genotipe cabai menghasilkan 7 kelompok tingkat toleransi terhadap aluminium. Individu PBC396 dan PBC518 adalah genotipe yang sangat toleran terhadap cekaman aluminium yang unik sehingga keduanya sangat baik digunakan sebagai tetua dalam pengembangan cabai toleran aluminium. Primer SSR yang potensial menghasilkan marka polimorfik untuk sifat toleran terhadap cekaman aluminium pada cabai adalah TMS7 dan CAMS358. Primer tersebut selanjutnya harus diuji pada mapping population untuk menentukan pita yang dapat digunakan sebagai penanda toleransi terhadap aluminium. Kata kunci:  Capsicum annuum, NTSYS, sidik gerombol, tenggang masam