El objetivo del trabajo consiste en analizar las condiciones clínicas y los costos de atención de los usuarios del programa de diabetes clasificados con alto riesgo pertenecientes al régimen contributivo de la Nueva EPS, en dos centros de atención de Bogotá y Cali, en el periodo de junio 2009 a mayo 2011. Se realizó un estudio descriptivo transversal, en pacientes diagnosticados con diabetes Mellitus Tipo 2, que consultaron al centro de excelencia de Bogotá y a la IPS exclusiva de historias clínicas de los pacientes. Entre los principales hallazgos se tiene una población de edad avanzada, y de raza blanca que viven en estratos socioeconómicos 2 y 3, con nivel educativo mayoritario de primaria y con condiciones clínicas desfavorables con presencia de lesiones en órgano blanco y sin control metabólico de la enfermedad, con costos de atención mayores en el centro de excelencia de Bogotá. Se encontraron limitaciones al momento de la revisión y recolección de los datos debido a la falta de estandarización en el registro de la información por parte de las IPS que atendieron los pacientes objeto del estudio, lo que llevó a la decisión de tomar la muestra a conveniencia. Se puede concluir que no se encontraron diferencias favorables en las condiciones clínicas de los pacientes diabéticos entre el centro de excelencia de Bogotá y la IPS exclusiva de la ciudad de Cali, dado que la hemoglobina glicosilada de control A1C fue mayor a 7.5%