Se evaluó la variabilidad genética con marcadores RAPD (Polimorfismos en el ADN Amplificados al Azar) en 50 colectas de pitahaya (Hylocereus undatus Haworth, Britton and Rose) provenientes de nueve estados de México y una colecta de Colombia que se incluyó como testigo. Se detectó alta variabilidad genética (polimorfismo entre colectas de 92.5 %) en las poblaciones de pitahaya. Las huellas genéticas obtenidas permitieron la identificación individual de cada material genético. La colecta de Colombia se agrupó con la mayoría de las colectas mexicanas, lo que indica un origen común. Adicionalmente, se detectó un grupo de materiales procedente de los estados de Hidalgo, México y San Luis Potosí que difiere del resto de las colectas en su genotipo RAPD, lo que sugiere que en México existe variabilidad genética endémica y que el país es uno de varios centros de diversidad de H. undatus.